黑臭水體治理雖然國家有統一要求，但不同的地方、不同的發展階段，有不同的治理需求。就太湖流域來說，當前要系統治理黑臭水體，從工業、生活、農業和生態修復等方面，應著重做好以下工作。

工業污染防治抓兩頭，即提檔升級和淘汰落后。一是全面開展企業資源集約利用綜合評價工作，制定出臺差別化生態環境保護政策。排序靠前的企業推行環保領跑者制度，鼓勵污染物排放濃度和總量超低排放，排序靠后的企業實施改造或退出措施，合理、優質、高效配置要素資源，全面淘汰低端低效產能，堅決關停高耗能、高排放和“散亂污”企業。二是全面開展重點行業提標改造，加強工業園區升級治理。按照太湖流域最新出臺的重點行業及城鎮污水處理廠排放限值要求，按期完成六大重點行業和工業園區污水處理廠提標改造。開展園區雨污分流改造、企業廢水分類收集，所有省級以上開發區開展園區循環化改造，加快建設國家或省級生態工業園區。

城鎮生活污染治理抓達標，即提標改造和提質增效。一是嚴格執行城鎮污水處理廠排放限值，全面完成城鎮污水處理廠提標改造。流域內200多家污水處理廠要制定一廠一策方案，從工程提標和管理提標等多角度推進工作。二是全面開展管網建設改造和排水達標區建設，加快推進城鎮污水全收集、全處理、全達標。全面開展市政管網及附屬設施普查和檢測，實施雨污混接點、管網漏損點改造，加快城鎮生活小區、城中村、建制鎮、撤并鄉鎮、工業集聚區等排水達標區建設，將包括小餐飲、洗浴、洗車、洗衣、農貿市場等各類生產生活污水全部納入排水達標區管理范疇，實現提質增效。

農業面源污染防治抓減量，即種養結合和循環利用。一是推進生態循環農業建設，實現化肥農藥減施。鼓勵種植和養殖結合，在農業園區、規模種植基地和丘陵山區大力推廣農牧結合、種養循環等生態農業模式。以太湖一、二級保護區為重點實施耕地輪作休耕，實現流域內化肥農藥大規模減施。二是加強養殖污染治理，推進循環利用。加快推進畜禽生態健康養殖，配套完善畜禽養殖廢棄物處理和資源化利用設施，在有條件的養殖密集區建設畜禽糞污專業化收運體系和集中處理資源化利用中心，大幅度提高流域畜禽糞污綜合利用率。加快實施養殖池塘生態化改造，促進池塘養殖尾水達標排放或循環利用。

河道生態修復抓系統，即水質改善和生態鏈構建并重。一是在截污控源的基礎上，在流域有條件的河流、湖蕩，因地制宜建設和修復濕地，進一步改善水質。鼓勵太湖一級保護區和上游重點地區城鎮污水處理廠創造條件將尾水接入人工濕地或自然濕地等，實現尾水生態凈化。二是注重系統思維，重視生態系統整體構建。綜合考慮多種因素，包括雨水收集利用、防洪護坡設計等雨洪管理，包括水系溝通的活水工程、裁彎取直營造自然生境增加生物棲息地等河道改造，包括不同季節植物的選擇、魚類的搭配等物種和數量的選擇等。生態系統整體構建應成為今后濕地建設關注的重點。